Шедько С.В., Шедько М.Б., Мирошниченко И.Л., Немкова Г.А.
В журнале Генетика
Год: 2023 Том: 59 Номер: 10 Страницы: 1154-1164
Штрихкодовый фрагмент гена COI секвенирован у 91 образца пяти видов паразитических копепод Salmincola, снятых с лососевых рыб в основном c Дальнего Востока России (ДВР): S. californiensis (микижа и сима) и S. edwardsii (различные виды гольцов, нерка из оз. Кроноцкое), S. carpionis (раз- личные виды гольцов), S. markewitschi (кунджа), S. stellata (сахалинский таймень). Всего был найден 41 вариант гаплотипов с максимальным уровнем различий 0.183 нуклеотидных замен на позицию. Расстояние между видами варьировало от 0.139 ± 0.014 (в паре S. markewitschi–S. carpionis) до 0.179 ± 0.015 (в паре S. stellata–S. californiensis). Внутривидовое нуклеотидное разнообразие фрагмента гена COI намного ниже и составило для S. californiensis и S. edwardsii, населяющих жаберную полость и плав- ники хозяина – 0.013 ± 0.003 и 0.015 ± 0.003, а для S. stellata, S. markewitschi и S. carpionis, локализую- щихся в ротоглоточной полости хозяев – 0.002 ± 0.001, 0.004 ± 0.001 и 0.005 ± 0.001 соответственно. Сравнение выборок трех видов копепод Salmincola из разных районов ДВР выявило существенную (Fst = 0.28–0.42, P << 0.001) генетическую подразделенность. Три субклады edwardsii-подобных ко- пепод – S. edwardsii с ДВР, S. edwardsii с американской ручьевой палии востока Северной Америки и S. siscowet с озерной палии штата Мичиган (COI-последовательности копепод из последних двух групп взяты из генетических баз данных) – различались между собой в среднем по 9.3–10.9% нук- леотидным позициям, что указывает на необходимость таксономической ревизии S. edwardsii. Со- гласно проведенному молекулярному датированию дивергенция линий Salmincola началась в мио- цене и завершилась в раннем плиоцене. Филогенетическая скорость составила 0.023 (95%-ный ин- тервал: 0.013–0.033) нуклеотидных замен на позицию на млн лет на линию. Скорость нуклеотидных замещений на популяционном уровне оказалась в 3.7 раза выше – 0.085 (0.021–0.170). Высокий уро- вень изменчивости фрагмента гена COI делает этот маркер удобным инструментом как для разра- ботки систематики и филогении копепод Salmincola и Lernaeopodidae на видовом и родовом уров- нях, так и для анализа дифференциации их популяций.
