Центр коллективного пользования
"Биотехнология и генетическая инженерия"


Руководитель
член-корр. РАН, д.б.н. Булгаков Виктор Павлович
Заместитель
к.б.н. Шкрыль Юрий Николаевич

Контакты
690022
г.Владивосток, проспект Столетия, 159,
ФНЦ Биоразнообразия ДВО РАН

Тел. +7 (423) 237-52-79
E-mail: bulgakov@biosoil.ru, yn80@mail.ru

ЦКП «Биотехнология и генетическая инженерия» создан на базе БПИ ДВО РАН постановлением Президиума ДВО РАН от 01.12.2006 № 116.

Основные научные и научно-технические задачи

  • Изучение молекулярных механизмов ответа клеток на стрессовые воздействия и воздействие патогенов.
  • Поиск новых генно-инженерных способов улучшения хозяйственно важных характеристик клеток высших организмов.
  • Изучение белок-белковых взаимодействий, белковых кластеров и сетей в системной биологии.
  • Изучение молекулярных механизмов активации биосинтеза вторичных метаболитов в клеточных культурах ценных лекарственных растений.
  • Изучение миграционных потоков элементов в системе малого биологического круговорота.
  • Изучение физико-химических свойств и внутренней организации почвенной системы.
  • Разработки в сфере бионанотехнологий – получение наноструктурных материалов и наночастиц с помощью методов биотехнологии и генетической инженерии, исследование их свойств и возможностей применения на практике.
  • Проведение комплексных исследований в области биоразнообразия

Оборудование

Микроскопия

Конфокальный микроскоп LSM 510 META

Производство: Сarl Zeiss, Германия, 2005

Оценка процессов экспрессии трансгенов в живых клетках. Изучение динамики экспрессии и локализация рекомбинантных белков. Изучение процессов окислительного взрыва и токов кальция в живых клетках, качественная и количественная оценка кинетики внутриклеточного транспорта в микрокомпартментах клеток. Исследование межмолекулярных и белок-белковых взаимодействий. Инвертированный микроскоп Axiovert 200 M с конфокальной приставкой LSM 510 META. Лазеры: Ar-laser (458, 477, 488, 514 nm, 30 mW); HeNe-laser (543 nm, 1 mW); HeNe laser (633 nm, 5 mW (integrated); UV laser for LSM 510 Laser Enterprise II 653 (80 mW UV).

Конфокальный микроскоп LSM 710 LIVE

Производство: Сarl Zeiss, Германия, 2010

Изучение динамики экспрессии и локализации рекомбинантных белков. Изучение процессов окислительного взрыва и токов кальция в живых клетках, качественная и количественная оценка кинетики внутриклеточного транспорта в микрокомпартментах клеток. Исследование межмолекулярных и белок-белковых взаимодействий. Сканирующая лазерная приставка LSM 710 LIVE позволяет увеличить скорость сканирования до 120 рамок/с, что дает возможность наблюдать быстрые внутриклеточные процессы с высоким разрешением. Инвертированный микроскоп Observer.Z1 с двумя сканирующими лазерными приставками: LSM 710 (лазеры: Diod 405-30, 50 mW; Diod 488-100 (489), 35 mW; DPSS 561-40 (561), 40 mW; Argon 458, 488, 514, 35 mW; HeNe 543, 1 mW; HeNe 633, 5 mW); LSM 710 LIVE (лазеры: Diod 405-50, 50 mW; Diod 635-35, 35 mW). Получение 3D-изображений с высоким разрешением до 6144 х 6144 pixels и сканирование по длинам волн (λ-сканирование) для спектрального анализа объекта. Встроенная DIC оптика.

Сканирующий электронный микроскоп EVO 4O

Производство: Сarl Zeiss, Германия, 2005

Сканирующий электронный микроскоп высокого разрешения с устройством для напыления золота. Получение изображений поверхности микрообъектов с большим разрешением (< 1 мкм). Изображения выглядят трехмерными и удобны для изучения структуры поверхности. Увеличение от 7х до 100 000х. Режимы низкого, сверхнизкого вакуума (диапазон 1–750 Па), окружающего давления (до 3000 Па).

Аппарат для высокопроизводительного нанесения покрытий на образцы и производства тонкопленочных структур HEX

Производство: Mantis Deposition Ltd, Великобритания, 2014

Аппарат для высокопроизводительного нанесения покрытий на образцы и производства тонкопленочных структур. Размер мишени до 5 см, толщиной от 1 до 6 мм. Вакуум – 10-6 торр использование широкого спектра материалов для формирования тонкопленочных покрытий Магнетронный источник модели FISSION. Система поддерживает установку до 3-х источников

Криостат CryoStar NX70

Производство: Thermo Fisher Scientific, США, 2013

Высокоточный криостат, которые позволяют подобрать оптимальные режимы работы для разного типа тканей. Температура охлаждения образца во время резки в диапазоне от - 50°C до +10°C. Температура охлаждения лезвия ножа в диапазоне от - 35°C до -5°C. Встроенное устройство быстрой заморозки до -60°C на основе элемента Пельтье. Панель для хранения и заморозки 18 образцов. Установка толщины среза в диапазоне от 0,5 до 500. Автоматическая резка с установкой скорости от 0 до 256 мм/сек.

Микроскоп инвертированный Axio Observer (Palm Micro Beam микродиссектор)

Производство: Carl Zeiss, Германия, 2012

Исследовательская платформа для эффективного наблюдения и регистрации сложных многоступенчатых экспериментов с живыми клетками. Устройство для лазерной микродиссекции обеспечивает бесконтактное выделение фрагментов клеток, отдельных клеток, групп клеток из срезов биологических тканей Система освещения проходящего света — галогеновая лампа (12В, 100 Вт). Модуль для флуоресцентного анализа — ртутная лампа с саморегулировкой HBO103 (100 Вт). Окуляры — 10х/20; 10х/23; 16х/16. Объективы — 1,25х-100х, A-Plan, Achroplan, Plan-Neofluar, больших рабочих расстояний LD Plan-Neofluar, Apochromat.

Микроскоп электронный сканирующий Merlin

Производство: Carl Zeiss, Германия, 2015

Сканирующий электронный микроскоп с полевым эмиссионным катодом, колонной электронной оптикиGEMINI-II и безмаслянной вакуумной системой. Оснащен энерго-дисперсионным спектрометром, который позволяет проводить элементный анализ. Морфология поверхности с разрешающей способностью 0,8 нм. Микрозондовый элементный анализ. Построение карт по фазовому контрасту.

Протеомный анализ

Тандемный времяпролетный масс-спектрометр с матричной лазерной десорбцией/ионизацией Autoflex Speed

Производство: Bruker Daltonik GmbH, Германия, 2013

Технологии MALDI-TOF и TOF/TOF оптимизированы как для традиционных приложений (анализа белков/пептидов, полимеров), так и для исследований в новейших областях: молекулярной визуализации в тканях – MALDI-Imaging, и при анализе гликанов. Технология активно применяется в клинической практике для идентификации микроорганизмов (MALDI Biotyper). Лазерная технология smartbeam™-II с регулируемой частотой лазера до 1,000 Гц. Диаметр фокуса пятна варьируется от 10 мкм. Запатентованная технология PAN позволяет работать в широком диапазоне масс с разрешением более 26,000. Уникальный FlashDetector в сочетании с 4ГГц аналого-цифровым преобра- зователем обеспечивает точность определения масс с погрешностью не более 2 ppm.

Масc-спектрометрический комплекс на базе масс-спектрометра типа «ионная ловушка» HCT Ultra ETD II System и нано-ЖХ система Proxeon’s Easy-nLC

Производство: Bruker Daltonik GmbH, Германия, 2008

Идентификация белков. Сверхбыстрый и высокопроизводительный масс-спектрометр «ионная ловушка» с ионизацией электроспреем для анализов HPLC-ESI-MS(n) с технологией ETD II для изучения посттрансляционных модификаций. Диапазон масс до 12 кДа. Разрешение 0.45 массы на полувысоте пика во всем диапазоне масс. Регистрация в режиме положительных и отрицательных ионов. Функция ETD – диссоциация с переносом электрона. Система обработки и хранения информации для исследований в области протеомики на базе однопроцессорной станции (4GB RAM, RAID-10 HDD 4x 400 GB).

Химический принтер CHIP-1000

Производство: Shimadzu, Япония, 2010

Пьезоэлектрическое бесконтактное пикодозирование нескольких реагентов в заданных точках. Используется для нанесение антител, ферментов, красителей и других реагентов на биологические препараты (срезы тканей) или мембраны с перенесенными на них белками. Повторный анализ одного и того же образца для иммуноблоттинга и масс-спектрометрии. Объем каждой капли менее 100 пл. Внутренний диаметр капилляра 55 мкм. 4 пьезоэлектрические печатающих головки.

Система автоматического капиллярного электрофореза PA 800 plus

Производство: Beckman Coulter, США, 2010

Устройство для разделения биомолекул методом капиллярного электрофореза. Качественный и количественный анализ белков в ручном или автоматическом режиме методами капиллярного зонального электрофореза, гель электрофореза, изоэлектрофокусирования и электрохроматографии. Максимальное давление: 6,8 бара. Максимальное напряжение: 30 кВ. Детекторы: UV, PDA, LIF.

Станция для выделения нуклеиновых кислот и белков QIAcube

Производство: QIAGEN, США, 2010

Устройство предназначено для автоматического выделения геномной и плазмидной ДНК, РНК, и рекомбинантных белков из различных образцов методом колоночной фильтрации. Обеспечивает полный цикл выделения от лизиса образцов до элюции нуклеиновых кислот и белков высокой степени очистки. Выделение и очистка ДНК, РНК или белков из 2-12 образцов за один запуск. Предустановленные протоколы выделения.

Автоматизированная хроматографическая система для очистки белков Profinia Protein Purification System

Производство: Bio-Rad Laboratories, США, 2009

Система предназначена для автоматического выделения и обессоливания белков, слитых с аффинными тагами (6хHis, GST). Предусмотрены методы выделения в нативных и денатурирующих условиях. Скорость потока 0.2–20 мл/мин. Максимальное давление 3.4 бар. Детекторы: UV (280 нм). Электропроводность (0–500 мСм/см), pH (1–14).

Комплекс оборудования для протеомного анализа

Производство: Bio-Rad Laboratories, США, 2007

Для разделения смеси белков в полиакриламидном геле в градиенте pH в зависимости от величины их изоэлектрических точек с использованием IPG (Immobilized pH gradient) пластинок (стрипов). Напряжение 50–10 000 В. Рабочий ток 0–2.4 мА. Мощность 0–24 Вт.

Видеодокументирующая система для анализа двумерных гелей VersaDoc MP 4000 PS System

Производство: Bio-Rad Laboratories, США, 2007

Для качественного и количественного анализа флуоресцентно или колориметрически окрашенных одномерных или двумерных гелей. Возбуждение светом: 325, 468, 528, 635 нм. Фильтры эмиссии: 530BP, 605BP, 640BP, 695BP. Детектор: высокочувствительная 3,2 мегапиксельная CCD камера с разрешением 53 мкм.

Записи нет. Требуется техническое обслуживание

Система для мультицветного сканирования результатов протеомного анализа Pharos FX Plus System

Производство: Bio-Rad Laboratories, США, 2009

Для мультицветного сканирования методом DIGE гелей, блотов или микропланшет. Высокочувствительная детекция флуоресцентных красителей (FITC, SYBR, Cy-3, Cy-5 и др.), колориметрический анализ гелей, определение различных изотопов. Источник возбуждения: лазерный диод (532, 635 нм) и аргоновый лазер (488 нм). Фильтры эмиссии: 390BP, 530BP, 605BP, 640BP, 695BP. Разрешение сканирования: 50, 100, 200 и 800 мкм.

Записи нет. Требуется техническое обслуживание

Автоматизированная система мультиплексного анализа белков Bio-Plex 200 System

Производство: Bio-Rad Laboratories, США, 2009

Проточный лазерный иммуноанализатор нового поколения основан на реакции взаимодействия антиген–антитело на поверхности окрашенных полистирольных микросфер диаметром 5 мкм. Качественный и количественный анализ осуществляется с помощью высокочувствительного двухлазерного детектора. Комплектность: флюоресцентный детектор, автоматизированная промывающая станция и платформа для работы с 96-луночными микропланшетами. Два диодных лазера: 532 и 635 нм. Детекторы с динамическим разрешением 12–14 бит на пиксель. Высокая достоверность результатов достигается за счет применения специализированной системы валидации прибора.

Автоматизированный оптический биосенсор ProteON XPR36 Protein Interaction Array System

Производство: Bio-Rad Laboratories, США, 2009

Изучение взаимодействия белков методом поверхностного плазмонного резонанса. Позволяет одновременно измерить взаимодействие с лигандами шести различных белков и получить кинетические профили взаимодействия в одном эксперименте. Кинетические профили взаимодействия обеспечиваются программой One-Shot KineticsTM, обрабатывающей данные с микрочипов. Преимущества над аналогами: измерения в режиме реального времени, свободные от метки, измерение кинетики. Анализ до 36 взаимодействий на одном чипе. Диапазон коэффициентов преломления 1.33–1.37. Аналитический диапазон сигнала 1–40000 RU. Уровень шума <1 RU. Дрейф сигнала <1 RU.

Записи нет. Требуется техническое обслуживание

Анализатор размера, зета-потенциала и концентрации наночастиц NS500

Производство: NanoSight, Великобритания, 2013

Анализатор размера, концентрации дзета-потенциала частиц на основе анализа траектории их Броуновского движения. Размер частиц: 10 нм – 2000 нм. Концентрация частиц: 106 - 109 частиц в мл. Длина волны регистрации: 405 нм (фиолетовый), 488 нм (синий), 532 nm (зеленый) или 642 нм (красный).

Записи нет. Требуется техническое обслуживание

Система для проведения цифровой капельной ПЦР QX200

Производство: Bio-Rad, США, 2014

Система QX200 Droplet Digital PCR предназначена для проведения цифровой капельной ПЦР третьего поколения. QX200 обеспечивает абсолютную количественную оценку ДНК- и РНК-мишеней как с помощью зондов так и с помощью интеркалирующего красителя EvaGreen, исключая использования калибровочных кривых . Каналы детектирования FAM (EvaGreen), HEX (VIC). Точность ±10%. Количество капель на образец – 20000.

Жидкостной хроматограф 1260 Infinity II LC System

Производство: Agilent Technologies, США, 2013

Система высокоэффективной жидкостной хроматографии. Рабочие давления подвижной фазы до 600 бар (поток 5 мл/мин). Частота сбора данных диодно-матричного детектора до 80 Гц. Мертвый объем, на уровне 120 мкл

Ферментер WAVE Bioreactor 2/10

Производство: GE Healthcare Life Sciences, США, 2012

Ферментер для культивирования клеток с волновым типом перемешивания. Рабочий объем – от 0.2 до 5 л. Контроль скорости и угла наклона, температуры и аэрации.

Термоциклер для амплификации нуклеиновых кислот CFX96

Производство: Bio-Rad Laboratories, США, 2009

Амплификатор для ПЦР "в реальном времени". Диапазон изменения температуры, 4 - 100 гр. С. Максимальная скорость нагрева и охлаждения 5,0 гр. С/сек. Диапазон возбуждения/детекции флюоресценции 450-730 нм. 96 пробирок объемом 0,2 мл, стрипы из 0,2 мл пробирок или 96-луночный планшет.

Записи нет. Требуется техническое обслуживание

Система для автоматизированного электрофореза Experion System

Производство: Bio-Rad Laboratories, США, 2010

Платформа для анализа нуклеиновых кислот и белков. Объем образца: 1-4 мкл. Источник света: светодиодный лазер. Формат: 16-луночные чипы.

Секвенирование ДНК

Спектрометр с модулями для изучения органических систем GS Junior

Производство: Roche, США, 2012

Секвенатор нового поколения. В основе работы GS Junior лежит технология 454 Sequencing, разработанная компанией 454 Life Sciences и базирующаяся на методе пиросеквенирования. >40 миллионов высококачественных, отфильтрованных нуклеотидов за один запуск. Средняя длина более 400 нуклеотидов. Точность 99% для 400 нуклеотидов.

Секвенатор ДНК ABI PRISM 3130 Genetic Analyzer, четырехканальный

Производство: Applied Biosystems, США, 2007

Определение нуклеотидных последовательностей ДНК и РНК. Автоматический секвенс фрагментов ДНК. Установление структуры генов, а также продуктов обратной транскрипции мРНК. Составление и чтение библиотек кДНК. Анализ фрагментов AFLP и микросателлитов в молекулярной генетике. Многоцветное детектирование: 5-FAMв, 6-FAMв, JOEв, VICв, NEDв, PETв, TAMRAв, HEXв, LIZв. Капилляры с внутренним покрытием длиной 22, 36, 50 и 80 см для различных видов использования. Детекция и оптика: аргон-ионный многолучевой лазер с возбуждением 488 и 514.5 нм. Двустороннее освещение для усиления однородности сигнала. Детектор: CCD камера.

Записи нет. Требуется техническое обслуживание
Элементный анализ

Рентгенофлуоресцентный спектрометр EDX-800P

Производство: Shimadzu, Япония, 2011

Расширенное определение общего химического состава почвенно-растительного комплекса и других объектов окружающей среды (диапазон определяемых элементов от Be (пор. № 4) до U (пор. № 92), изучение связи между концентрацией элементов и различными фазами почв (органической, минеральной). Рентгеновский генератор – трубка с Rh-анодом, воздушное охлаждение, напряжение 5–50 кВ, ток 1–1000 мкА. Диаметр облучаемой площади 10 мм. Анализ на воздухе, в вакууме или среде гелия. Устройство для вращения образца. Приставка для прецизионной установки образца. Цифровая камера для наблюдения образца.

Элементный анализатор углерода и азота в почвах, осадках и фильтрате Flash 2000

Производство: Thermo Fisher Scientific, США, 2011

Определение содержания органического вещества почв, степени его разложения и концентрации двух биофильных элементов в почвах (C, N). Температура реактора 1800oC. Цикл анализа 1 образца – 6 мин. Предел измерения от 100 ppm до 100%.