Лаборатория Ботаники возникла как новая структура в институте в 2018 году, но в ее основу легли две заслуженные лаборатории Высших растений и Низших растений, имеющих богатую научную историю.
Лаборатория Высших растений вела свое начало от лаборатории Геоботаники и систематики высших растений, организованной в 1962 г. из числа сотрудников Почвенно-ботанического отдела ДВФ АН СССР при создании Биолого-почвенного института. В 1975 г. лаборатория Высших растений существовала как самостоятельная, ее руководителями были д.б.н. С.С. Харкевич, д.б.н. А. Е. Кожевников.
Лаборатория низших растений была организована в 1949 г. д.б.н. Васильевой Любовью Николаевной, которая была ее заведующей до 1975 г. Затем лабораторию возглавила д.б.н. З.М. Азбукина, а с 1992 г. - д.б.н. Л.Н.Егорова.
С 1973 года Гербарий также был выделен в самостоятельное подразделение, где хранится коллекция сосудистых растений и криптогамных организмов - Дальневосточный региональный гербарий (VLA.) . Ее основные научные фонды включают: Дальневосточный гербарий, общий гербарий ( охватывает территорию б.СССР, исключая Дальний Восток РФ) и зарубежный гербарий. Кроме того имеются фонды: обменный (включая эксикаты) и необработанных коллекций
В составе лаборатории 13 научных сотрудников, в том числе 4 доктора и 9 кандидатов наук, из них: 3 ботаника (сосудистые растения),4 миколога, 2 лихенолога, 3 альголога, 2 генетика растений.
Основные направления исследований:
В лаборатории с 1973 г. осуществлялась разработка проекта по подготовке фундаментальной сводки: "Сосудистые растения советского Дальнего Востока" (тт. 1-8, Л.<СПб>, Наука: 1985-1996; всего томов в серии - 10), в которых впервые для Дальневосточного региона (Магаданская, Камчатская, Амурская и Сахалинская области, Хабаровский и Приморский края), обобщаются основные ботанические сведения (преимущественно флористико-систематического и эколого-географического характера).
Опубликованные тома высоко оценены отечественными и зарубежными специалистами. Публикация фактического материала в серии "Сосудистые растения ..." практически завершена - в них описано 4143 вида индигенных и натурализовавшихся в регионе растений. Тома 9 и 10 будут посвящены дополнениям и изменениям к опубликованным томам, в которых содержатся обработки всех семейств дальневосточной флоры, а также мультидисциплинарному анализу и указателям названий.
На Дальнем Востоке РФ, по-видимому, наиболее полно, чем в других регионах РФ, выявлена флора сосудистых растений на заповедных территориях. Подавляющее число заповедников в регионе изучены сотрудниками лаборатории или с их участием (основные материалы хранятся в коллекциях VLA), что позволяет вести работу по подготовке соответствующих кадастров. Подготовлен к печати кадастр по сосудистым растениям заповедников Приморского края, включающий около 1700 видов (из 2500, представленных в крае). Материалы сотрудников лаборатории использованы в "Красной книге СССР" (1984) и "Красной книге РСФСР" (1988). По рекомендациям сотрудников лаборатории создан Джугджурский государственный заповедник в Хабаровском крае и принято решение об организации Амурского государственного заповедника и Олекминского нацинального парка (на двух участках) в Амурской области.
Результатом фундаментальных исследований лаборатории явились разработка новых классификаций ржавчинных, головневых, агариковых, сумчатых грибов и модернизация классификационных схем в отдельных звеньях несовершенных грибов. Проведенные многолетние систематико-флористические и эколого-географические исследования отдельных групп грибов, лишайников, мохообразных и их монографическая обработка послужили основой для многотомной сводки "Низшие растения, грибы и мохообразные Дальнего Востока России", 4 тома которой уже опубликованы ( 1990-1998 гг.), работа над остальными томами продолжается.
Объектом прикладных исследований лаборатории явились грибы как возбудители болезней растений, дереворазрушающие, съедобные и ядовитые грибы, водоросли пресных водоемов, включая питьевые водохранилища.
Особенное внимание лаборатория всегда уделяла изучению низших растений на заповедных территориях, как эталонных участках природы. Более 2,5 тыс. видов водорослей, грибов, лишайников и мхов выявлено на территории 11 заповедников региона. Результаты исследования обобщены в 5 коллективных монографиях.