Сектор геоботаники ведет свое начало от Лаборатории геоботаники и систематики высших растений, организованной в 1962 г. при создании Биолого-почвенного института. В разное время в лаборатории были паредставлены такие направления исследований как геоботаническое картографирование, выявление естественной и антропогенной динамики растительного покрова, изучение продуктивности и классификация луговой и лесной растительности. Многие работы были направлены на оценку состояния и выработку рекомендаций по рациональному использованию растительных ресурсов. Эти исследования связаны с именами Г.Э.Куренцовой, К.Д. Степановой, Н.С.Шеметовой, М.А.Щербовой, А.Г. Крылова.
Современные направления работы:
широкомасштабные сравнительные исследования флоры и растительности,
классификация растительных сообществ и растительных комбинаций,
крупномасштабное картографирование растительного покрова,
изучение естественной и антропогенной динамики сообществ и комбинаций,
изучение редких видов и сообществ