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<TITLE>建库测序及数据质控报告</TITLE>
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<script type="text/javascript">
	$(function () {
		var options = {
			selectors: "h2,h3,h4,h5",
			theme: "bootstrap",
			scrollTo: "60"
		};
		var toc = $("#toc").tocify(options).data("toc-tocify");
	});
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<script type="text/javascript">
function trans(img_div_id) {
img_div = $("#" + img_div_id)
img = $("#" + img_div_id + " img").first();
if (img_div.hasClass("fullscreen-div")) {
img_div.removeClass("fullscreen-div");
img.removeClass("fullscreen-img");
}
else {
img_div.addClass("fullscreen-div");
img.addClass("fullscreen-img");
}
}
function filter_display() {
return $(this).css("display") != "none";
}
function show_default() {
var list_group_id = "#" + $(this).attr("id");
if ($(list_group_id + " a.active").css("display") == "none") {
var list_tab = $(list_group_id + " a.active");
var pan_id = list_tab.attr("href");
$(pan_id).removeClass("active show");
list_tab.removeClass("active");
}
if ($(list_group_id + " a.active").filter(filter_display).length == 0) {
$(list_group_id + " a").filter(filter_display).first().tab("show");
}
}
$.fn.show_default = show_default
function next(botton_id) {
var present_tab = $("#" + botton_id.replace("_button_next", "_list-tab") + " .active").first();
while (present_tab.next().length == 1) {
if (present_tab.next().css("display") != "none") {
present_tab.next().tab("show");
break;
}
else {
present_tab = present_tab.next();
}
}
}
function prev(botton_id) {
var present_tab = $("#" + botton_id.replace("_button_prev", "_list-tab") + " .active").first();
while (present_tab.prev().length == 1) {
if (present_tab.prev().css("display") != "none") {
present_tab.prev().tab("show");
break;
}
else {
present_tab = present_tab.prev();
}
}
}
$(document).ready(function () {
$(".form-control").on("keyup", function () {
var value = $(this).val().toLowerCase();
var input_box_id = "#" + $(this).attr("id");
var list_group_id = input_box_id.replace("_InputList", "_list-tab");
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});
$(".list-group").each(show_default);
});
</script>

<script type="text/javascript">
  /* show or hide element*/
  function hiddenShow(btnObj){
    ctObj = btnObj.nextElementSibling;
    if (ctObj.style.display == 'inline'){
      ctObj.style.display = 'none';
      btnObj.innerHTML = "显示注释";
    }else{
      ctObj.style.display = 'inline';
      btnObj.innerHTML = "隐藏注释";
    };
    return 0;
  }
</script>

<script type="text/javascript">
  /* show or hide element*/
  function hiddenQA(btnObj){
    ctObj = btnObj.nextElementSibling;
    if (ctObj.style.display == 'inline'){
      ctObj.style.display = 'none';
      btnObj.innerHTML = "显示Q&A";
    }else{
      ctObj.style.display = 'inline';
      btnObj.innerHTML = "隐藏Q&A";
    };
    return 0;
  }
</script>

</head>
<body>
<div id="toc" class="tocify">
</div>
	<div style="position:fixed; top:0; left:0; width:100%; z-index:1000;">
		<table width="100%" height="50px" border="0" cellpadding="5" cellspacing="0"
			style="background:#F3F3F3; border-bottom:1px solid #eee;border-top: none;background-image:-moz-linear-gradient(top,#EEEEEE,#FFFFFF); background-image:-webkit-gradient(linear,left top,left bottom,color-stop(0,#EEEEEE), color-stop(1,#FFFFFF));filter: progid:DXImageTransform.Microsoft.gradient(startColorstr='#EEEEEE', endColorstr='#FFFFFF', GradientType='0')">
			<tr height="86%">
				<td width='1%'></td>
				<td><img src="src/images/logo1-GN.png"></td>
				<td>
					<div style="margin:5px;border-left:1px solid #DCDCDC;height:30px"></div>
				</td>
				<td width="70%"></td>
			</tr>
		</table>
	</div>
</div>

<!--------------------------标题---------------------------------->
<div id="main">
<br><h1>建库测序及数据质控报告</h1></br>
<table class="gy">
<tr>

</tr>
{% for col in title_project %}
<tr><td>{{col.0}}</td><td style="text-align:left">{{col.1}}</td></tr>
{% endfor %}
</table>
<br /><br />
<!------RNA------>
<p class="head"><a href="#home" title = "返回首页"></a>
<a name="Library Preparation and Sequencing"></a>
<hr />
</p><br />
<h2>1 建库测序流程</h2>
<p class="paragraph">从接受客户文库到获得最终测序数据，其中文库检测、上机测序等每一个环节都会对测序数据的质量和数量产生影响。诺禾致源对每一个生产环节都严格把控。对于客户自建库文库类型，在上机测序之前会进行严格文库质量检测并出具相关库检报告，从而确保产出高质量的数据。流程图如下:</p>
<p class="center">
<img src="src/images/pipeline-GN.png" width="750" height="450" />
</p>

<h3>1.1 文库检测</h3>
<p class="paragraph">诺禾致源对客户文库的检测主要包括3种方法：</p>
<p class="paragraph">(1) Qubit检测对文库浓度进行初步定量。</p>
<p class="paragraph">(2)AATI检测文库片段的完整性及插入片段大小。</p>
<p class="paragraph">(3) QPCR检测文库有效浓度。</p>

<h3>1.2 上机测序</h3>
<p class="paragraph">文库检测合格后，按照有效浓度及目标下机数据量的需求将不同文库pooling至flowcell后，使用Illumina高通量测序平台进行测序。</p>
<!----------------------------------------------------------------------------------------->
<p class="head"><a href="#home" title = "返回首页"></a>
<a name="项目结果说明"></a>
<hr />
</p><br />
<h2>2 结果展示及说明</h2>
<h3>2.1 测序数据格式简介</h3>
<p class="paragraph">Illumina高通量测序仪测序得到的原始文件是图像文件，在进行碱基识别（base calling）和Bcl2Fastq转化后，即可得到FASTQ（简称fq）格式的原始测序序列（sequenced reads），称之为raw data或raw reads。FASTQ格式的数据中含测序序列（reads）的序列信息以及其对应的测序质量信息，其中每条reads均由四行组成(Cock P.J.A. et al. 2010)，示例如下：</p>

<p class="seq">
@HWI-ST1276:71:C1162ACXX:1:1101:1208:2458 1:N:0:CGATGT&nbsp;&nbsp;&nbsp;<br />
NAAGAACACGTTCGGTCACCTCAGCACACTTGTGAATGTCATGGGATCCAT<br />
+<br />
#55???BBBBB?BA@DEEFFCFFHHFFCFFHHHHHHHFAE0ECFFD/AEHH<br />
</p>
<p class="paragraph">第一行是序列标识（read ID）以及相关的描述信息，以“@” 开头；</P>
<p class="paragraph">第二行即为碱基序列，长度由测序策略决定；</p>
<p class="paragraph">第三行以“+”开头，后面是序列标示符、描述信息，或者什么也不加；</p>
<p class="paragraph">第四行是测序质量值（phred），与第二行一一对应，phred值以ASCII码标记，对应的 ASCII 值减去33，即为第二行对应碱基的测序质量值。</p>
<p class="paragraph">Illumina测序标识详细信息如下：</p>
<table class="gy">
<tr><td>HWI-ST1276</td><td>Instrument – unique identifier of the sequencer </td></tr>
<tr><td>71</td><td>run number – Run number on instrument</td></tr>
<tr><td>C1162ACXX</td><td>FlowCell ID – ID of flowcell</td></tr>
<tr><td>1</td><td>LaneNumber – positive integer</td></tr>
<tr><td>1101</td><td>TileNumber – positive integer</td></tr>
<tr><td>1208</td><td>X – x coordinate of the spot. Integer which can be negative</td></tr>
<tr><td>2458</td><td>Y – y coordinate of the spot. Integer which can be negative</td></tr>
<tr><td>1</td><td>ReadNumber - 1 for single reads; 1 or 2 for paired ends</td></tr>
<tr><td>N</td><td>whether it is filtered - NB：Y if the read is filtered out, not in the delivered fastq file, N otherwise</td></tr>
<tr><td>0</td><td>control number - 0 when none of the control bits are on, otherwise it is an even number</td></tr>
<tr><td>CGATGT</td><td>Illumina index sequences</td></tr>
</table>
<br />
<h3>2.2 关于测序数据相关的说明</h3>
{% if lib_type == 'RRN' %}
<p class="paragraph">(1) 交付的数据为fastq（简称fq）格式文件的压缩包，文件名后缀通常为 “.fq.gz”。交付数据前我们会计算每个压缩文件的md5值。在您拿到数据之后，请您先校>验每个压缩文件的md5值，Linux下可以在数据目录使用“md5sum -c <*md5.txt>”命令进行校验，Windows下可使用hashmyfiles等校验工具，如发现压缩文件md5值与附在数据文件目录下的md5文档中的不一致则说明文件可能在传输的过程中被损坏。<br />

<p class="paragraph">(2) 数据文件大小为文件占用磁盘空间的大小，文件的大小通常与磁盘格式、压缩比例等因素有关，与测序数据量（碱基数）的多少无对应关系。<br />

<p class="paragraph">(3) 部分项目单个样品测序数据量较大（如基因组），采用分lane上机策略以保证产出数据的质量，因此单个样品可以对应多对数据文件。如样品1有sample1_L1_1.fq.gz和sample1_L2_1.fq.gz两个read1文件，这表明该样品分lane上机，产出自lane1和lane2。<br />

<p class="paragraph">(4) 关于主要质控标准。如果承诺交付clean data数据，我们会按照严格的标准过滤数据，获得的高质量clean data可用于进一步研究和论文发表。当任一测序read中N含量超过该read碱基数的10%时，去除此paired reads；当任一测序read中含有的低质量（Q<=20）碱基数超过该条read碱基数的50%时，去除此paired reads；去除有5’接头污染的reads；去除没有3’接头序列和插入片段的reads；trim掉3’接头序列；去除polyA/T/G/C的reads（大部分连续的polyA/T/G/C，可能来源于测序错误，且信息熵低，可以不做分析）基于此标准进>行的研究可以被高水平杂志认可(Yan L.Y. et al . 2013)。更多文章参考诺禾致源官网：www.novogene.com<br />

<p class="paragraph">(5) 关于测序reads。除去声明的部分特殊类型，我们使用的index通常处于adapter中间，在测序中由index read完成，由此测序得到的read1和read2的各个碱基全>都是样本的序列，后续进行mapping或组装等分析时，头尾不需要再做处理。<br />

<p class="paragraph">(6) 关于测序adapter。
<p class="paragraph">RNA 5’ Adapter (RA5), part:</p>
<p class="paragraph">5’-GTTCAGAGTTCTACAGTCCGACGATC-3’</p>
<p class="paragraph">RNA 3’ Adapter (RA3), part:</p>
<p class="paragraph">5’-AGATCGGAAGAGCACACGTCT-3’</p>

<p class="paragraph">(7) 数据免费保存期为30天（从交付数据第二天开始计算），请您收到数据后，及时核查数据是否有问题。<br />
{% elif 'Pre-made' not in lib_type  %}
<p class="paragraph">(1) 交付的数据为fastq（简称fq）格式文件的压缩包，文件名后缀通常为 “.fq.gz”。交付数据前我们会计算每个压缩文件的md5值。在您拿到数据之后，请您先校>验每个压缩文件的md5值，Linux下可以在数据目录使用“md5sum -c <*md5.txt>”命令进行校验，Windows下可使用hashmyfiles等校验工具，如发现压缩文件md5值与附在数据文件目录下的md5文档中的不一致则说明文件可能在传输的过程中被损坏。<br />

<p class="paragraph">(2) 对于双端（PE）测序，每个样品的数据均有对应PE测序的read1和read2的两个文件，两个文件的行数应该一致，您可以在Linux下使用“zcat XXX.fq.gz | wc -l”命令检查数据文件的行数，行数除以4即为reads的数量。<br />

<p class="paragraph">(3) 数据文件大小为文件占用磁盘空间的大小，文件的大小通常与磁盘格式、压缩比例等因素有关，与测序数据量（碱基数）的多少无对应关系，因此对应PE测序的
read1和read2两个文件大小也可能不相同。<br />

<p class="paragraph">(4) 部分项目单个样品测序数据量较大（如基因组），采用分lane上机策略以保证产出数据的质量，因此单个样品可以对应多对数据文件。如样品1有sample1_L1_1.fq.gz和sample1_L2_1.fq.gz两个read1文件，这表明该样品分lane上机，产出自lane1和lane2。<br />

<p class="paragraph">(5) 关于质控标准。如果承诺交付clean data数据，我们会按照严格的标准过滤数据，获得的高质量clean data可用于进一步研究和论文发表。当任一测序read中N含量超过该read碱基数的10%时，去除此paired reads；当任一测序read中含有的低质量（Q<=5）碱基数超过该条read碱基数的50%时，去除此paired reads；当任一测序read中含有接头序列，去除此paired reads。基于此标准进行的研究可以被高水平杂志认可(Yan L.Y. et al . 2013)。更多文章参考诺禾致源官网：www.novogene.com<br />
{% if lib_type == 'DSW' %}
<p class="paragraph">质控参数：fastp -g (polyG尾 trim) -q 5（低质量判断阈值）-u 50（低质量比例阈值）-n 15（N 长度阈值）-l 150 --overlap_diff_limit 1 --overlap_diff_percent_limit 10；软件：fastp （version 0.23.1）<br />
{% endif %}
{% if lib_type == 'RDML' %}
    <p class="paragraph">(6) 对于低起始量甲基化文库，clean data数据中已截去起始10bp。<br />
    <p class="paragraph">(7) 关于测序reads。除去声明的部分特殊类型，我们使用的index通常处于adapter中间，在测序中由index read完成，由此测序得到的read1和read2的各个碱>基全都是样本的序列，后续进行mapping或组装等分析时，头尾不需要再做处理。<br />

    <p class="paragraph">(8) 关于测序adapter。
    <p class="paragraph">P5 adapter：</p>
    <p class="paragraph">P5→P7’(5’→3’)</p>
    <p class="paragraph">AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACAC[i5*]ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT</p>
    <p class="paragraph">P7 adapter：</p>
    <p class="paragraph">P5→P7’(5’→3’)</p>
    <p class="paragraph">GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC[i7*]ATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG</p>

    <p class="paragraph">(9) 数据免费保存期为30天（从交付数据第二天开始计算），请您收到数据后，及时核查数据是否有问题。<br />
{% else %}
    <p class="paragraph">(6) 关于测序reads。除去声明的部分特殊类型，我们使用的index通常处于adapter中间，在测序中由index read完成，由此测序得到的read1和read2的各个碱>基全都是样本的序列，后续进行mapping或组装等分析时，头尾不需要再做处理。<br />

    <p class="paragraph">(7) 关于测序adapter。
    <p class="paragraph">P5 adapter：</p>
    <p class="paragraph">P5→P7’(5’→3’)</p>
    <p class="paragraph">AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACAC[i5*]ACACTCTTTCCCTACACGACGCTCTTCCGATCT</p>
    <p class="paragraph">P7 adapter：</p>
    <p class="paragraph">P5→P7’(5’→3’)</p>
    <p class="paragraph">GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC[i7*]ATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTG</p>

    <p class="paragraph">(8) 数据免费保存期为30天（从交付数据第二天开始计算），请您收到数据后，及时核查数据是否有问题。<br />
{% endif %}
{% endif %}
{% if 'Pre-made' in lib_type %}
<p class="paragraph">(1) 交付的数据为fastq（简称fq）格式文件的压缩包，文件名后缀通常为 “.fq.gz”。交付数据前我们会计算每个压缩文件的md5值。在您拿到数据之后，请您先校>验每个压缩文件的md5值，Linux下可以在数据目录使用“md5sum -c <*md5.txt>”命令进行校验，Windows下可使用hashmyfiles等校验工具，如发现压缩文件md5值与附在数据文件目录下的md5文档中的不一致则说明文件可能在传输的过程中被损坏。<br />

<p class="paragraph">(2) 对于双端（PE）测序，每个样品的数据均有对应PE测序的read1和read2的两个文件，两个文件的行数应该一致，您可以在Linux下使用“zcat XXX.fq.gz | wc -l”命令检查数据文件的行数，行数除以4即为reads的数量。<br />

<p class="paragraph">(3) 数据文件大小为文件占用磁盘空间的大小，文件的大小通常与磁盘格式、压缩比例等因素有关，与测序数据量（碱基数）的多少无对应关系，因此对应PE测序的
read1和read2两个文件大小也可能不相同。<br />

<p class="paragraph">(4) 部分项目单个样品测序数据量较大（如基因组），采用分lane上机策略以保证产出数据的质量，因此单个样品可以对应多对数据文件。如样品1有sample1_L1_1.fq.gz和sample1_L2_1.fq.gz两个read1文件，这表明该样品分lane上机，产出自lane1和lane2。<br />
{% if checkadapter %}
    <p class="paragraph">(5) 关于质控标准。如果承诺交付clean data数据，数据过滤标准：当任一测序read中N含量超过该read碱基数的10%时，去除此paired reads；当任一测序read中含有的低质量（Q<=5）碱基数超过该条read碱基数的50%时，去除此paired reads；当任一测序read中含有接头序列，去除此paired reads。更多文章参考诺禾致源官网：www.novogene.com。<br />
    <p class="paragraph">质控参数：fastp -g (polyG尾 trim) -q 5（低质量判断阈值）-u 50（低质量比例阈值）-n 15（N 长度阈值）-l 150 --overlap_diff_limit 1 --overlap_diff_percent_limit 10；软件：fastp （version 0.23.1） <br />
{% else %}
    <p class="paragraph">(5) 关于质控标准。如果承诺交付clean data数据，数据过滤标准：当任一测序read中N含量超过该read碱基数的10%时，去除此paired reads；当任一测序read中含有的低质量（Q<=5）碱基数超过该条read碱基数的50%时，去除此paired reads。更多文章参考诺禾致源官网：www.novogene.com。<br />
    <p class="paragraph">质控参数：fastp -G (禁用polyG尾部修剪) -A (禁用adapter过滤) -g (polyG尾 trim) -q 5（低质量判断阈值）-u 50（低质量比例阈值）-n 15（N 长度阈值）-l 150 --overlap_diff_limit 1 --overlap_diff_percent_limit 10；软件：fastp （version 0.23.1） <br />
{% endif %}
<p class="paragraph">(6) 关于测序reads。除去声明的部分特殊类型，我们使用的index通常处于adapter中间，在测序中由index read完成，由此测序得到的read1和read2的各个碱基全都是样本的序列，后续进行mapping或组装等分析时，头尾不需要再做处理。<br />

<p class="paragraph">(7) 数据免费保存期为30天（从交付数据第二天开始计算），请您收到数据后，及时核查数据是否有问题。<br />
{% endif %}
<h3>2.3 测序数据质量评估</h3>
<h4>2.3.1 测序质量分布检查</h4>
<p class="paragraph">如果测序错误率用e表示，{{machine}} 平台测得数据的碱基质量值用Q<sub>phred</sub>表示，则有：Q<sub>phred</sub>=-10log<sub>10</sub>(e)。{{machine}}软件中碱基识别正确率与Phred分值之间的简明对应关系见下表：</p>

<table class="gy">
<tr><th>Phred分值</th><th>不正确的碱基识别</th><th>碱基正确识别率</th><th>Q-score</th></tr>
<tr><td>10</td><td>1/10</td><td>90%</td><td>Q10</td></tr>
<tr><td>20</td><td>1/100</td><td>99%</td><td>Q20</td></tr>
<tr><td>30</td><td>1/1000</td><td>99.9%</td><td>Q30</td></tr>
<tr><td>40</td><td>1/10000</td><td>99.99%</td><td>Q40</td></tr>
</table>
</p>
</p>
<p class="paragraph">本项目测序碱基质量情况见 <strong>图 1</strong>: </p>
<p class="center">
<div class="row gallery-row">
<div class="col-1">
<div id="gallery_figure_qscore_button_prev" class="button_prev" onclick="prev(this.id)"><svg viewbox="0 0 16000 16000" class="svg_prev"><circle class="c" cx="8000" cy="8000" r="6080"></circle><polygon class="a" points="8789.5,4902.8 8789.5,5846.4 6801.7,8000 8789.5,10253.6 8789.5,11097.2 5930.5,8000 "></polygon></svg></div>
</div>
<div class="col-6">
<div class="tab-content" id="gallery_figure_qscore_nav-tabContent">

{% for item in figure_qscore %}

<div class="tab-pane fade" id="gallery_figure_qscore_pane_{{item.0}}" role="tabpanel" aria-labelledby="gallery_figure_qscore_list_{{item.0}}" onclick="trans(this.id)"><img class="img-gallery" src="{{item.1}}" /></div>

{% endfor %}

</div>
</div>
<div class="col-1">
<div id="gallery_figure_qscore_button_next" class="button_next" onclick="next(this.id)"><svg viewbox="0 0 16000 16000" class="svg_next"><circle class="c" cx="8000" cy="8000" r="6080"></circle><polygon class="a" points="7210.5,4902.8 7210.5,5846.4 9198.3,8000 7210.5,10253.6 7210.5,11097.2 10069.5,8000 "></polygon></svg></div>
</div>
<div class="col-4">
<input class="form-control" id="gallery_figure_qscore_InputList" type="text" placeholder="Search..">
<div class="list-group" id="gallery_figure_qscore_list-tab" role="tablist">

{% for item in figure_qscore %}

<a class="list-group-item list-group-item-action" id="gallery_figure_qscore_list_{{item.0}}" data-toggle="list" href="#gallery_figure_qscore_pane_{{item.0}}" role="tab" aria-controls="{{item.0}}">{{item.0}}</a>

{% endfor %}

</div>
</div>
</div>

<p class="name_fig"><strong>图1 测序质量分布图</strong></p>
<p class="premark">横坐标为reads的碱基位置，纵坐标为单碱基质量值<br />
前半部分为双端测序序列的第一端测序reads的质量分布情况，后半部分为另一端测序reads的质量分布情况 </p>
<!------------------------------------------------------------------------------------------------------------>
<p class="head"><a href="#home" title = "返回首页"></a>
<a name="测序数据信息汇总"></a>
<hr />
</p><br />
<h3>2.4 测序数据质量情况汇总</h3>
{% if C4T7 %}
<p class="paragraph">本次共{{sample_number}}个样本，测序产出Raw data共{{total_raw}} M reads，过滤后的Clean data共{{total_clean}} M reads。
{% else %}
<p class="paragraph">本次共{{sample_number}}个样本，测序产出Raw data共{{total_raw}} G，过滤后的Clean data共{{total_clean}} G。
{% endif %}
<p class="paragraph">样品测序产出数据质量评估情况详见 <strong>表1</strong>.</p>
<p class="name_table"><p class="center"><strong>表1 数据产出质量情况一览表</strong></p>
<p class="center">
<div style="overflow-x: auto">
<table class="gy">
<thead><tr>{% for item in table_qc_head %}<th>{{item}}</th>{% endfor %}</tr></thead>
<tbody>
{% for col in table_qc_body %}
	<tr>{% for item in col %}<td>{{item}}</td>{% endfor %}</tr>
{% endfor %}
</tbody>
</table>
</div>
</p>
<button onclick="hiddenShow(this)">显示注释</button>
<div class="comment">
<ul>
<p class="tremark">Sample: 样品名<br />
Raw reads：测序Raw reads的数量<br />
Clean reads：过滤后获得的Clean reads 数量<br />
Raw bases：测序原始数据的总碱基数，即为Raw reads数量乘以测序长度算得，以G为单位<br />
Clean bases：过滤后数据的总碱基数，以G为单位<br />
Effective: (Clean reads/Raw reads)*100%<br />
Error：平均碱基测序错误率<br />
Q20、Q30：Phred 数值大于20、30的碱基占总体碱基的百分比<br />
GC：GC碱基数占总碱基数量的百分比<br />
{% if WGBS_type %}
BS conversion rate：Bisulfite将C转换成T的比率<br />
{% endif %}
</p>
</ul>
</div>
<p class="head"><a href="#home" title="返回首页"></a>
<a name="part1"></a>
<hr />
</p><br />
<h2>3 附录</h2>
<h3>3.1 参考文献</h3>
<p class=ref>
Cock PJ, Fields CJ, Goto N, Heuer ML, Rice PM. The Sanger FASTQ file format for sequences with quality scores, and the Solexa/Illumina FASTQ variants. Nucleic Acids Res. 2010;38(6):1767-1771. doi:10.1093/nar/gkp1137.<br /><br />
Chen S, Zhou Y, Chen Y, Gu J. fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor. Bioinformatics. 2018;34(17):i884-i890. doi:10.1093/bioinformatics/bty560.<br /><br />
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