Разработка и испытание метода выявления РНК вируса Ласса на основе полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией в режиме реального времени

Дедков В.Г., Сафонова М.В., Найденова Е.В., Magassouba N.F., Айгинин А.А., Soropogui B., Kourouma F., Camara A.B., Camara J., Крицкий А.А., Щелканов М.Ю., Малеев В.В.

В журнале Проблемы особо опасных инфекций [Problemy Osobo Opasnykh Infektsii]

Год: 2018 Номер: 4 Страницы: 39-47

цель. разработка метода выявления и количественного анализа (от-пцр в реальном времени) для выявления генетических маркеров вируса ласса – LASV-Fl. материалы и методы. для работы взяты все доступные в базе данных GenBank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/) последовательности вируса ласса, которые были выровнены для идентификации консервативных сайтов с использованием программного пакета BioEdit 7.2.5 (IbisBiosciences, сШа). для апробации разработанного пцр-набора была использована контрольная панель рнк вируса ласса и псевдовирусных частиц, 27 вирусных штаммов, относящихся к различным семействам, а также 37 образцов сывороток крови от пациентов с лихорадочными заболеваниями, отобранных в лечебных учреждениях республики гвинея в 2016–2018 гг., и 55 проб суспензий органов от многососковых мышей. результаты и обсуждение. аналитическая чувствительность метода варьировала от 103 до 105 копий/мл и имела 96,4 % диагностическую чувствительность, тогда как аналитическая и диагностическая специфичность составляли 100 %. показано, что разработанная методика может быть успешно применена на практике для обнаружения вируса ласса в гвинейской республике, с использованием различных типов материала от мелких млекопитающих, включая цельную кровь и суспензии органов M. natalensis, а также образцы сывороток крови людей, собранных через 3–7 дней после начала заболевания. сделано также предположение, что данный метод может быть использован для штаммов вируса ласса, распространенных не только в гвинее, но и на других эндемичных территориях, но данный факт необходимо подтвердить в дальнейших исследованиях.

DOI 10.21055/0370-10692018-4-39-47

Полный текст