Информация о публикации

Генетическая характеристика вирусов Сахалин (SAKV – Sakhalin virus), Парамушир (PMRV – Paramushir virus) (Bunyaviridae, Nairovirus, группа Сахалин) и Рукутама (RUKV – Rukutama virus) (Bunyaviridae, Phlebovirus, группа Укуниеми), изолированных от облигатных паразитов колониальных морских птиц клещей Ixodes (Ceratixodes) uriae, White 1852 и I. signatus Birulya, 1895 в бассейнах Охотского и Берингова морей

Львов Д.К., Альховский С.В., Щелканов М.Ю., Щетинин А.М., Дерябин П.Г., Аристова В.А., Гительман А.К., Самохвалов Е.И., Ботиков А.Г.

В журнале Вопросы вирусологии (Problems of Virology = Voprosy Virusologii)

Год: 2014 Том: 59 Номер: 3 Страницы: 11-17

Ссылка: https://elibrary.ru/item.asp?id=23404501

В работе впервые определены последовательности генома трёх вирусов, два из которых – Сахалин (SAKV – Sakhalin virus; ID GenBank KF801659) и Парамушир (PRMV – Paramushir virus; KF801656) – входят в группу Сахалин в составе рода Nairovirus (Bunyaviridae). Уровень гомологии каталитического центра РНК-зависимой РНК-полимеразы (RdRp) нуклеотидных последовательностей PRMV и SAKV составляет около 81 %, аминокислотных – 98,5 %. С другими наировирусами, для которых известна полная последовательность генома, SAKV обладает гомологией, в среднем, от 25 % (белок нуклеокапсида N) до 50 % (RdRp). При этом максимальный уровень гомологии (50,3 % по RdRp) SAKV имеет с вирусами Крымской-Конго геморрагической лихорадки (CCHFV – Crimean-Congo hemorrhagic fever virus), Дугбе (DUGV – Dugbe virus) и болезни овец Найроби (NSDV – Nairobi sheep disease), которые, также как и SAKV, экологически связаны с иксодовыми клещами (Ixodidae). Третий вирус, изученный в данной работе, – Рукутама (RUKV – Rukutama virus; KF892052-KF892054) – на основании антигенных и морфологических характеристик был ранее предварительно отнесён к роду Nairovirus, предположительно – к группе Сахалин. Согласно проведенному анализу полной последовательности генома, RUKV является представителем рода Phlebovirus (Bunyaviridae). RUKV обладает высоким уровнем гомологии (93,0–95,5 %) с ранее описанным новым флебовирусом Командоры (KOMV – Komandory virus). RUKV и KOMV формируют отдельную филогенетическую ветвь в составе группы Укуниеми (UUKV – Uukuniemi virus). Из флебовирусов данной группы RUKV и KOMV наиболее близки к вирусу Манава (MWAV – Manawa virus), изолированному из клещей Argas abdussalami Hoogstraal et McCarthy, 1965 в Пакистане, и обладают с ним 65–74 %-й гомологией.

Полный текст: