ФНЦ Биоразнообразия ДВО РАН

Атопкин Дмитрий Матвеевич

Atopkin D.M., Ivashko Y.I., Izrailskaia A.V., Tatonova Y.V., Besprozvannykh V.V. 2024. Morphological and molecular data on Pseudozoogonoides ugui Shimazu, 1974 (Digenea: Microphalloidea: Zoogonidae) ex Pseudaspius hakonensis (Günther, 1877) and taxonomic problems in Zoogoninae genera. // Journal of Helminthology. Vol.98. Article number e36.

Atopkin D.M., Semenchenko A.A., Solodovnik D.A., Ivashko Y.I. 2023. A report on the complete mitochondrial genome of the trematode Azygia robusta Odhner, 1911, its new definitive host from the Russian Far East, and unexpected phylogeny of Azygiidae within Digenea, as inferred from mitogenome sequences. // Journal of Helminthology. Vol.97. Article ID e69.

Atopkin D.M. 2023. Analysis of Partial Mitochondrial COI and 16S rRNA Gene Sequences Variation of Pagurus brachiomastus and Pagurus proximus (Decapoda: Paguridae) Populations from the South of Russian Far East. // Genetics of Aquatic Organisms. Vol.7. N.2. Article ID GA574.

Atopkin D.M., Ivashko Ya.I., Besprozvannykh V.V., Zhokhov A.E. 2023. New species of Asymphylodorinae Szidat, 1943 (Digenea: Lissorchiidae), fish parasites from the East Asian Region: morphological and molecular data. // Systematics and Biodiversity. Vol.21. Issue 1. Article number 2286947.

Sokolov S.G. , Khrustalev A.V., Greenwood S.J., Gray C.N., Robbins W.T., Jones M.E.B., Voropaeva E.L., Kalmykov A.P., Dzhamirzoev G.S., Atopkin D.M. 2023. Phylogenetic assessment of Apophallines (Digenea: Opisthorchiidae) with revision of Apophallus donicus Skrjabin & Lindtrop, 1919 complex and some taxonomic propositions. // Systematics and Biodiversity. Vol.21. N.1. Article ID 2189898.

Belousova Y.V. , Atopkin D.M., Vodiasova E.A. 2023. The first modern morphological description of Cercaria pennata and molecular evidence of its synonymy with Pronoprymna ventricosa in the Black Sea. // Journal of Helminthology. Vol.97. Article ID e12.

Atopkin D. M., Shedko M. B., Rozhkovan K.V., Nguyen H.V., Besprozvannykh V.V. 2022. Rhipidocotyle husi n. sp. and three known species of Bucephalidae Poche, 1907 from the East Asian Region: morphological and molecular data. // Parasitology. Vol.149. N.6. P.774-785.

Ivashko Y.I., Semenchenko A.A., Solodovnik D.A., Atopkin D.M. 2022. Characterization of complete mitochondrial genome and ribosomal operon for Carassotrema koreanum Park, 1938 (Digenea: Haploporidae) by means of next-generation sequencing data. // Journal of Helminthology. Vol.96. Article ID e54.

Yana I. Ivashko, Dmitry M. Atopkin, Alexander A. Semenchenko 2022. Characterization of mitochondrial genome Swiftopecten swiftii (Bernardi, 1858) and the phylogenetic relationships within family Pectinidae. // Modern achievements in population, evolutionary and ecological genetics (MAPEEG-2022): Program and Abstract of International Symposium. P.33. Vladivostok.

Jithila P.J., Atopkin D.M., Prasadan P.K. 2022. Chelatrematidae n. fam., a new family of digenetic trematodes from the South Western Ghats, India, erected on the basis of morphological and molecular studies. // Journal of Helminthology. Vol.96. Article ID e47.

Vodiasova E., Atopkin D.M., Plaksina M., Chelebieva E., Dmitrieva E. 2022. First morphological and phylogenetic data on Ligophorus kaohsianghsieni (Platyhelminthes: Monogenea) from the Black Sea and the Sea of Japan and molecular evidence of deep divergence of sympatric Ligophorus species parasitizing Planiliza haematocheilus. // Journal of Helminthology. Vol.96. Article ID E85.

Atopkin D.M. 2022. Molecular Diversity of Far-Eastern Trematodes of the Genus Crepidsotomum (Allocreadiidae) by Means of Nuclear 28S rRNA and Mitochondrial COI Gene Sequences. // Genetics of Aquatic Organisms. Issue 6(3.Sp.). P.1-13.

Atopkin D.M., Besprozvannykh V.V., Ha N.D, Nguyen H.V., Nguyen N.V. 2022. New trematode species Lecithostaphylus halongi n. sp. (Zoogonidae, Microphalloidea) and Gymnotergestia strongyluri n. sp. (Fellodistomidae, Gymnophalloidea) from beloniform fishes in Vietnam. // Journal of Helminthology. Vol.96. Article ID e15.

Atopkin D.M., Besprozvannykh V.V., Beloded A.Yu., Ha N.D., Nguyen H.V., Nguyen T.V. 2022. Restoration of the Genus Paraunisaccoides Martin, 1973 (Digenea: Haploporidae) and Description of P. elegans n. sp. and Unisaccus halongi n. sp. from Mugilid Fish in Vietnam. // Diversity. Vol.14. N.8. Article ID 639.

Ивашко Я.И., Атопкин Д.М. 2022. Анализ внутривидовой изменчивости двух видов дальневосточных гребешков Swiftopecten Swiftii и Mizuhopecten Yessoensis (Pectinidae, Bivalvia) по молекулярным данным. // Актуальные проблемы зоогеографии и биоразнообразия Дальнего Востока России: материалы Всероссийского симпозиума. С.115-123. Хабаровск.

Водясова Е.А., Челебиева Э.С., Шихат О.В., Атопкин Д.М., Дмитриева Е.В. 2022. Молекулярно-генетические подходы к видовой идентификации паразитических плоских червей рода Ligophorus (Monogenea), обитающих на лобане. // Вавиловский журнал генетики и селекции. Т.26. №3. С.290-297.

Ивашко Я.И., Семенченко А.А., Солодовник Д.А., Атопкин Д.М. 2022. Характеристика полного митохондриального генома и рибосомного оперона Carassotrema koreanum Park, 1938 (Digenea: Haploporidae) по данным высокопроизводительного секвенирования нового поколения (NGS). // Современные проблемы биологической эволюции: материалы IV Международной конференции к 875‑летию Москвы и 115‑ле‑ тию со дня основания Государственного Дарвиновского музея. С.65-66. Москва.

Zhang Yu., Atopkin D., Wang L., Wu D. 2021. Description of a new earthworm species of the genus Drawida (Oligochaeta: Moniligastridae) from Northeast China and Far East Russia. // Journal of Asia-Pacific Biodiversity. Vol.14. N.3. P.425-429.

Atopkin D.M., Semenchenko A.A., Solodovnik D.A., Ivashko Y.I., Vinnikov K.A. 2021. First next-generation sequencing data for Haploporidae (Digenea: Haploporata): characterization of complete mitochondrial genome and ribosomal operon for Parasaccocoelium mugili Zhukov, 1971. // Parasitology Research. Vol.120. P.2037–2046.

Atopkin D.M., Pronkina N.V., Belousova Yu.V., Plaksina M.P., Vodiasova E.A 2021. First rDNA sequence data for Haplosplanchnus pachysomus (Digenea: Haplosplanchnidae) ex Mugil cephalus from the Black Sea, and molecular evidence for cryptic species within Haplosplanchnus pachysomus (Digenea: Haplosplanchnidae) in Palaearctic and Indo-West Pacific regions. // Journal of Helminthology. Vol.95. Article ID E51.

Sokolov S. G., Atopkin D. M., Gordeev I. I. 2021. Phylogenetic position of the hemiuroid genus Paraccacladium Bray & Gibson, 1977 (Trematoda: Hemiuroidea) and the status of the subfamily Paraccacladiinae Bray & Gibson, 1977. // Marine Biology Research. Vol.17. N.1. P.31-40.

Sokolov S., Kalmykov A., Frolov E., Atopkin D. 2021. Taxonomic myths and phylogenetic realities in the systematics of the Opisthorchiidae (Trematoda). // Zoologica Scripta. Vol.00. P.1-14.

Sokolov S., Voropaeva E., Atopkin D. 2020. A new species of deropristid trematode from the sterlet Acipenser ruthenus (Actinopterygii: Acipenseridae) and revision of superfamily affiliation of the family Deropristidae. // Zoological Journal of the Linnean Society. Vol.190. P.448-459.

Atopkin D. M., Sokolov S. G., Vainutis K. S., Voropaeva E. L., Shedko M. B., Choudhury A. 2020. Amended diagnosis, validity and relationships of the genus Acrolichanus Ward, 1917 (Digenea: Allocreadiidae) based on the 28S rRNA gene, and observations on its lineage diversity. // Systematic Parasitology. Vol.97. P.143–156.

Sokolov S., Frolov E., Novokreshchennykh S., Atopkin D. 2020. An opisthorchiid concept of the genus Liliatrema (Trematoda: Plagiorchiida: Opisthorchioidea): an unexpected systematic position. // Zoological Journal of the Linnean Society. Vol.XX. P.1-19.

Zhang Y. F., Ganin G. N., Atopkin D. M., Wu D. 2020. Earthworm Drawida (Moniligastridae) Molecular phylogeny and diversity in Far East Russia and Northeast China. // European Zoological Journal.

Atopkin D.M., Besprozvannykh V.V., Ha D.N., Nguyen V.H., Nguyen V.T. 2020. New species and new genus of Pseudohaploporinae (Digenea): Pseudohaploporus pusitestis sp. n. and Parahaploporus elegantus n. g., sp. n. (Digenea: Pseudohaploporinae) from Vietnamese mullet fish. // Parasitology International. Vol.75. Article ID 102023.

Atopkin D.M., Besprozvannykh V.V., Ha D.N., Nguyen V.H., Nguyen V.T. 2020. New species of Parasaccocoelium (Haploporidae) and new genus Pseudohaplosplanchnus (Haplosplanchnidae) from mullet fish in the Far East of Russia and Vietnam: morphological and molecular data. // Journal of Helminthology. Vol.94. Article ID E154.

Atopkin D.M. 2019. Comparative population genetic analysis of far eastern trematode species of the family Haploporidae Nicoll, 1914 - a parasites of mullets. // Modern Achievements in Population, Evolutionary and Ecological Genetics: Program and Abstract of International Symposium. P.11. Vladivostok.

Zaitceva E.A., Toroschina A.V., Atopkin D.M. 2019. Genetic characterization of Far Eastern hermit crabs of the genus Pagurus by mitochondrial 16S rRNA gene partial sequences. // Modern Achievements in Population, Evolutionary and Ecological Genetics: Program and Abstract of International Symposium. P.69. Vladivostok.

Atopkin D. M., Besprozvannykh V. V., Ha N. D., Nguyen Ha Van, Khamatova A. Yu., Vainutis K. S. 2019. Morphometric and molecular analyses of Carassotrema koreanum Park 1938 and Elonginurus mugilus Lu 1995 (Digenea: Haploporidae) Srivastava, 1937 from the Russian Far East and Vietnam. // Parasitology Research. Vol.118. Issue 7. P.2129-2137.

Sokolov S. G., Atopkin D. M., Urabe M., Gordeev I. I. 2019. Phylogenetic analysis of the superfamily Hemiuroidea (Platyhelminthes, Neodermata: Trematoda) based on partial 28S rDNA sequences. // Parasitology. Vol.146. N.5. P.596-603.

Atopkin D. M., Chalenko K. P., Nguyen Ha V. 2019. Population genetic analysis of trematode Parasaccocoelium mugili Zhukov, 1971 (Haploporidae Nicoll, 1914) from the Russian Far East and Vietnam based on ribosomal ITS and mitochondrial COI gene partial sequence data. // Parasitology Research. Vol.118. P.2575-2581.

Sokolov S.G., Atopkin D.M., Urabe M. 2019. Redescription and supplementary molecular characteristics of Aspidogaster ijimai Kawamura, 1915 (Trematoda, Aspidogastrea, Aspidogastridae), a parasite of Cyprinus carpio Linnaeus, 1758 s. lato (Actinopterygii) and freshwater bivalves in East Asia. // Parasitology International. Vol.71. P.167-176.

Атопкин Д.М. 2019. Морфологические и молекулярные критерии в современной систематике трематод: проблемы и перспективы. // Школа по теоретической и морской паразитологии: тезисы докладов VII Всероссийской конференции с международным участием. Т.1. С.61. Севастополь.

Атопкин Д.М., Чаленко К.П. 2019. Популяционно-генетический анализ трематоды Parasaccocoelium mugili Zhukov, 1971 (Digenea: Haploporidae) юга Дальнего Востока России и Вьетнама. // VII Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров (ВОГиС), посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, и ассоциированные симпозиумы: Международный Конгресс. С.4. Санкт-Петербург.

Атопкин Д.М., Безпрозванных В.В., Ха Д.Н., Нгуен В.Х. 2019. Сравнительный молекулярный анализ внутривидового разнообразия дальневосточных трематод семейства Haploporidae - паразитов кефалевых рыб. // Школа по теоретической и морской паразитологии: тезисы докладов VII Всероссийской конференции с международным участием. Т.1. С.62. Севастополь.

Atopkin D.M., Besprozvannykh V.V., Ha D.N., Nguyen V.H., Nguyen V.T., Chalenko K.P. 2018. A new subfamily, Pseudohaploporinae subfam. n. (Digenea: Haploporidae), with morphometric and molecular analyses of two new species: Pseudohaploporus vietnamensis n. g., sp. n. and Pseudohaploporus planilizum n. g., sp. n. from Vietnamese mullet. // Parasitology International. Vol.69. P.17-24.

Atopkin D.M., Sokolov S.G., Shedko M.B., Vainutis K.S., Orlovskaya O.M. 2018. Diversity of the genus Bunodera Railliet, 1896 (Trematoda: Allocreadiidae) in the northern part of Eastern Europe and North-eastern Asia, estimated from 28S rDNA sequences, with a description of Bunodera vytautasi sp nov. // Parasitology Research. Vol.117. Issue 6. P.1765-1772.

Ganin G. N., Atopkin D. M. 2018. Molecular differentiation of epigeic and anceic forms of Drawida ghilarovi Gates, 1969 (Moniligastridae, Clitellata) in the Russian Far East: Sequence data of two mitochondrial genes. // European Journal of Soil Biology. Vol.86. P.1-7.

Atopkin D. M., Nakao M., Besprozvannykh V. V., Ha N. D., Nguyen H. V., Sasaki M. 2018. Morphological and molecular data for species of Lecithaster Lühe, 1901 and Hysterolecithoides Yamaguti, 1934 (Digenea: Lecithasteridae) from fish of East Asia and phylogenetic relationships within the Hemiuroidea Looss, 1899. // Journal of Helminthology. Vol.94. Article ID E14.

Besprozvannykh V.V., Atopkin D.M., Ngo H.D., Ha N.V., Tang N.V., Beloded A.Yu. 2018. Morphometric and molecular analyses of two digenean species from the mullet: Skrjabinolecithum spinosum n. sp. from the Russian southern Far East and Unisaccus tonkini n. sp. from Vietnam. // Journal of Helminthology. Vol.92. Issue 6. P.713-724.

Reunov A., Reunova G., Atopkin D., Reunova Yu., Muzarok T., Zakharov E., Zhuravlev Yu. 2018. The identification of Araliaceae species by ITS2 genetic barcoding and pollen morphology. // Planta Medica. Vol.84. N.1. P.42-48.

Moskvina T. V., Atopkin D. M. 2018. The prevalence of intestinal parasites of domestic cats and dogs in Vladivostok, Russia during 2014–2017. // Zoology and Ecology. Vol.28. N.3. P.180-184.

Vainutis K. S., Atopkin D. M., Shedko M. B. 2017. Comparative molecular-genetic analysis of some species of parasitic flat worms from the genus Crepidostomum based on sequencing data of 28s gene region of RDNA. // Modern Achievements in Population, Evolutionary and Ecological Genetics: Program and Abstract of International Symposium. P.44. Vladivostok.

Kamenskaya D.N., Pankova M.V., Atopkin D.M., Brykov V.A. 2017. Divergence of Paralogous Growth-Hormone-Encoding Genes and Their Promoters in Salmonidae. // Molecular Biology. Vol.51. N.2. P.274-282.

Besprozvannykh V.V., Atopkin D.M., Ngo H.D., Ermolenko A.V., Van Ha N., Van Tang N. and Beloded A.Y. 2017. Morphometric and molecular analyses of two digenean species in mugilid fish: Lecithaster mugilis Yamaguti, 1970 from Vietnam and L. sudzuhensis n. sp. from southern Russian Far East. // Journal of Helminthology. Vol.91. Issue 3. P.326-331.

Atopkin D. M., Besprozvannykh V. V., Ha Duy Ngo, Van Ha N., Van Tang N., Ermolenko A. V. & Beloded A. Yu. 2017. Morphometric and molecular data of the two digenean species: Lasiotocus lizae Liu, 2002 (Monorchiidae) and Paucivitellosus vietnamensis sp. n. (Bivesiculidae) from mullets Tonkin Bay, Vietnam. // Journal of Helminthology. Vol.91. Issue 3. P.346-355.

Sokolov S.G., Atopkin D.M., Gordeev I.I., Shedko M.B. 2017. Phylogenetic position of the genus Gonocerca Manter, 1925 (Trematoda, Hemiuroidea), based on partial sequences of 28S rRNA gene and a reconsideration of taxonomic status of Gonocercinae Skrjabin et Guschanskaja, 1955. // Parasitology International.

Atopkin D.M., Shedko M.B., Sokolov S.G., Zhokhov A.E. 2017. Phylogenetic relationships among European and Asian representatives of the genus Aspidogaster Baer, 1827 (Trematoda: Aspidogastrea) inferred from molecular data. // Journal of Helminthology. Vol.92. Issue 3. P.343-352.

Atopkin D.M., Besprozvannykh V.V., Beloded A.Yu., Ngo H.D., Ha N.V., Tang N.V. 2017. Phylogenetic relationships of Hemiuridae (Digenea: Hemiuroidea) with new morphometric and molecular data of Aphanurus mugilis Tang, 1981 (Aphanurinae) from mullet fish of Vietnam. // Parasitology International. Vol.66. N.6. P.824-830.

Besprozvannykh V.V., Atopkin D.M., Ermolenko A.V., Beloded A.Yu. 2016. Morphometric and molecular analyses for a new species Skrjabinolecithum pyriforme n. sp. (Digenea: Haploporidae) in mullet fish from the Primorsky Region, Russia. // Journal of Helminthology. Vol.91. Issue 5. P.625-632.

Besprozvannykh V.V., Atopkin D.M., Ngo H.D., Ermolenko A.V., Ha N.V., Tang N.V., Beloded A.Yu. 2016. Morphometric and molecular analyses of two digenean species from the mullet: Haplosplanchnus pachysomus (Eysenhardt, 1892) from Vietnam and Provitellotrema crenimugilis Pan, 1984 from the Russian southern Far East. // Journal of Helminthology. Vol.90. Issue 2. P.238-244.

Sokolov S.G., Gordeev I.I., Atopkin D.M. 2016. Redescription of trematode Gonocerca muraenolepisi Paruchin et Ljadov, 1979 (Hemiuroidea: Derogenidae), a body cavity parasite of Antarctic fishes, with a discussion of its phylogenetic position. // Invertebrate Zoology. Т.13. №2. С.191-202.

Атопкин Д.М., Белодед (Никитенко) А.Ю., Нго Х.Д. 2016. Систематическое положение трематод Aphanurus mugilis (Hemiuridae: Aphanurinae) в надсемействе Hemiuroidea: данные секвенирования рибосомных генов. // Современные проблемы теоретической и морской паразитологии: сб научных статей. С.145-146. Севастополь.

Mordukhovich V., Atopkin D., Fadeeva N., Yagodina V., Zograf J. 2015. Admirandus multicavusand Adoncholaimus ussuriensissp. n. (Nematoda: Enoplida: Oncholaimidae) from the Sea of Japan. // Nematology. Vol.17. N.10. P.1229-1244.

Kamenskaya D.N., Pankova M.V., Atopkin D.M., Brykov V.A. 2015. Fish growth-hormone genes: Evidence of functionality of paralogous genes in Levanidov's charr Salvelinus levanidovi. // Molecular Biology. Vol.49. N.5. P.687-693.

Atopkin D. M., Ganin G. N. 2015. Genetic differentiation of black and grey colored forms of the earthworm Drawida ghilarovi Gates, 1969 (Moniligastridae, Oligochaeta) on Russian Far East. // European Journal of Soil Biology. Vol.67. P.12-16.

Besprozvannykh V.V., Atopkin D.M., Ermolenko A.V., Kharitonova A.V., Khamatova A.Yu. 2015. Life-cycle and genetic characterization of Astiotrema odhneri Bhalerao, 1936 sensu Cho & Seo 1977 from the Primorsky Region (Russian Far East). // Parasitology International. Vol.64. N.6. P.533-539.

Atopkin D.M., Beloded (Nikitenko) A.Yu., Ngo H.D., Ha N.V., Tang N.V. 2015. Molecular genetic characterization of the far eastern trematode Skrjabinolecithum spasskii Belous, 1954, (Digenea, Haploporidae), a parasite of mullets. // Molecular Biology. Vol.49. N.3. P.373-379.

Atopkin D.M., Beloded A. Yu., Ngo H.D. 2015. Molecular systematics and phylogeny of the trematodes of mugilid fishes in the Far Eastern Region: two examples for digenean intraspecific genetic differentiation. // Modern Achievements in Population, Evolutionary and ecological Genetics: Program and Abstract of International Symposium. P.15. Vladivostok.

Besprozvannykh V.V., Atopkin D.M., Ermolenko A.V., Nikitenko A.Yu. 2015. Restoration of the genus Parasaccocoelium Zhukov, 1971 (Digenea: Haploporidae) and a description of two new species from mugilid fish in the Far East of Russia. // Journal of Helminthology. Vol.89. Issue 5. P.565-576.

ShedkoM.B., Sokolov S. G., Atopkin D.M. 2015. The first record of Dimerosaccus oncorhynchi (Trematoda: Opecoelidae) in fishes from rivers of Primorsky Territory, Russia, with a discussion on its taxonomic position using morphological and molecular data. // Паразитология. Vol.49. N.3. P.171-189.

Besprozvannykh V.V., Atopkin D.M., Ngo H.D., Beloded A.Yu., Ermolenko A.V., Ha N.V., Tang N.V. 2015. The trematode Skrjabinolecithum spasskii Belous, 1954 (Digenea: Haploporidae), a mullet parasite (Mugilidae) from Peter the Great Bay of the Sea of Japan and from vietnamese waters of the Gulf of Tonkin: morphology and molecular data. // Russian Journal of Marine Biology. Vol.41. N.4. P.286-294.

Атопкин Д.М., Белодед А.Ю., Нго Х.Д. 2015. Сравнительная генетическая характеристика трематод кефалевых рыб Приморского края Дальнего Востока России и Вьетнама. // Паразитологические исследования в Сибири и на Дальнем Востоке: материалы V Межрегиональной конференции. С.7-8. Новосибирск .

Atopkin D.M., Rozhkovan K.V., Ngo H.D. 2014. Genetic characterisation of the Notocotylus intestinalis Tubangui, 1932 (Digenea: Notocotylidae) from the mollusks Parafossarulus striatulus Benson (Bithyniidae) and paraphyly of the genus Notocotylus. // Molecular Phylogenetics: Contributions to the 4th Moscow International Conference. P.10. Moscow .

Atopkin D. M., Shedko M. B. 2014. Genetic characterization of far eastern species of the genus Crepidostomum (Trematoda: Allocreadiidae) by means of 28S ribosomal DNA sequences. // Advances in Bioscience and Biotechnology. Vol.5. N.3. P.209-215.

Atopkin D.M., Nikitenko A.Yu., Ngo H.D. 2014. Genetic characterization of trematodes Haplosplanchnus pachysomus (Eysenhardt, 1892) from Vietnam and Provitellotrema crenimugilis Pan, 1984 (Trematoda: Haplosplosplanchninae) from Russian Primorye Region. // Molecular Phylogenetics: Contributions to the 4th Moscow International Conference. P.7-8. Moscow .

Atopkin D.M., .Nikitenko A.Yu, Ngo H.D. 2014. Genetic diversity and phylogenetic relatioships of the far eastern trematode Skrjabinolecithum spasskii Belous, 1954 (Digenea: Haploporidae) - a parasite of mugilid fishes. // Molecular Phylogenetics: Contributions to the 4th Moscow International Conference. P.9. Moscow .

Атопкин Д.М., Никитенко А.Ю. 2014. Генетическая изменчивость трематоды Skrjabinolecithum spasskii Belous, 1954, паразита кефалевых рыб, на Дальнем востоке. // VI Съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров (ВОГиС) и ассоциированные генетические симпозиумы: тезисы докладов. С.22. Ростов-на-Дону .

Ганин Г.Н., Анисимов А.П., Рослик Г.В., Атопкин Д.М., Соколова Е.Н. 2014. Дальневосточный эндемик Drawida ghilarovi (Moniligastridae: Oligochaeta): полиморфизм, особенности экологии и кариотип. // Зоологический журнал. Т.93. №9. С.1070-1079.

Pankova M.V., Brykov V.V., Pankova V.V., Atopkin D.M. 2013. Fish growth hormone genes: Divergence of intron sequence in charrs of Salvelinus genus. // Russian Journal of Genetics. Vol.49. N.6. P.743-750.

Alasaad S., Rozhkovan K. V., Atopkin D. M., Sánchez A., Garrido-García J., Romero I., Soriguer R. C., Chelomina G. N. 2013. RAPD-PCR molecular analysis of the threatened Cabrera’s vole populations in the Iberian Peninsula. // African Journal of Biotechnology. Vol.12. N.26. P.4065-4073.

Besprozvannykh V.V., Ermolenko A.V., Atopkin D.M. 2013. Trematodes of the family Haploporidae Nicoll, 1914 from mugilid fishes of Primorye region: ribosomal genes sequence of the genus Skrjbinolecithum Belous, 1954. // Modern achievements in population, evolutionary and ecological genetics (MAPEEG - 2013): Program and Abstract of International Symposium. P.13-14. Vladivostok.

Вороной Н.О., Никитенко А.Ю., Атопкин Д.М. 2013. Приморские эстуарные поселения двустворчатого моллюска Corbicula japonica Prime, 1864 обладают низкой изменчивостью гена цитохромоксидазы (I). // Вестник Оренбургского государственного университета. Т.158. №9. С.85-90.

Беспрозванных В.В., Ермоленко А.В., Атопкин Д.М. 2013. Трематоды семейства Haploporidae Nicoll, 1914 кефалевых рыб Приморья: данные частичного секвенирования гена 28S рРНК видов рода Skrjabinolecithum Belous, 1954. // Молекулярно-генетические подходы в таксономии и экологии: материалы Научной конференции. Т.1. С.15. Ростов-на-Дону.

Semenchenko A.A., Atopkin D.M. 2012. A comparative analysis of the Far-Eastern grayling species Thymalus tugarinae and Thymallus grubii flavomaculatus on the data from mitochondrial DNA cytochrome b gene sequencing. // Russian Journal of Marine Biology. Vol.38. N.7. P.520-528.

Atopkin D.M., Shedko M.B., Sokolov S.G., Zhokhov A.E. 2012. Comparative phylogenetic analysis of European and Far Eastern species of the genus Aspidogaster (Trematoda: Aspidogastrea) using sequences of ITS2 rDNA fragment. // Molecular Phylogenetics: contributions to the 3-d Moscow International Conference. P.115. Москва .

Voronoy N.O., Nikitenko A.Yu., Atopkin D.M. 2012. Comparative population genetic analysis of Corbicula japonica from Russian Primorye region using mitochondrial COI gene partial sequences. // Molecular Phylogenetics: contributions to the 3-d Moscow International Conference. P.133. Москва .

Besprozvannykh V.V., Ermolenko A.V., Atopkin D.M. 2012. The life cycle of Asymphylodora perccotti sp. n. (Trematoda: Lissorchiidae) in the Russian Southern Far East. // Parasitology International. Vol.61. N.2. P.235-241.

Атопкин Д.М., Шедько М.Б., Соколов С.Г., Жохов А.Е. 2012. Сравнительный филогенетический анализ европейских и дальневосточных видов рода Aspidogaster (Trematoda: Aspidogastrea) по данным секвенирования участка ITS1-5.8S-ITS2 рибосомальной ДНК. // Современные проблемы общей паразитологии: материалы Международной научной конференции. С.31-35. Москва .

Atopkin D. M., Shedko M. B. 2011. Genetic characterization of far-eastern species of the genus Crepidostomum (Digenea: Allocreadiidae) by ribosomal DNA sequences. // Modern achievements in population, evolutionary and ecological genetics (MAPEEG - 2011): Program and Abstract of International Symposium. P.11. Владивосток.

Atopkin D.M. 2011. Genetic characterization of the Psilotrema (Digenea: Psilostomatidae) genus by partial 28S ribosomal DNA sequences. // Parasitology International. Vol.60. N.4. P.541-543.

Sakka H., Quere J.P., Kartavtseva I.V., Pavlenko M.V., Chelomina G.N., Atopkin D.M., Bogdanov A.S. and Michaux J. 2010. Comparative phylogeography of four Apodemus species (Mammalia: Rodentia) in the Asian Far East: evidence of Quaternary climatic changes in their genetic structure. // Biological Journal of the Linnean Society. Vol.100. P.797-821.

Chelomina G.N., AtopkinD.M. 2010. Molecular-genetic evidence of a deep phylogenetic discontinuity between the Asian and European reces of Pygmy wood mouse based on the mitochondrial cytochrome b gene variation. // Molecular Biology. Vol.44. N.5. P.699-708.

Атопкин Д.М., Шедько М.Б. 2010. Филогенетические связи трематод рода Crepidostomum (Trematoda: Allocreadiidae) юга Дальнего Востока России. // Паразиты Голарктики: Международный симпозиум (4-8 октября 2010 г., Петрозаводск, Карелия, Россия). Т.1. С.20-23. Петрозаводск.

Atopkin D.M. 2009. Phylogenetic relationships of the genus Psilotrema (P. oschmarini, P. acutirostris, P. simillimum) based on 28S rDNA sequences. // Modern achievements in population, evolutionary and ecological genetics (MAPEEG - 2009): Program and Abstract of International Symposium. P.13. Владивосток.

Богданов А.С., Атопкин Д.М. , Челомина Г.Н. 2009. Анализ генетической изменчивости и дифференциации малой лесной мыши Sylvaemus uralensis (Rodentia, Muridae) методом RAPD-PCR. // Известия Российской академии наук. Серия биологическая. №3. С.276-292.

Атопкин Д.М., Беспрозванных В.В. 2009. Филогенетические связи рода Psilotrema (Digenea: Psilostomatidae) по данным секвенирования 28S рДНК. // V съезд Вавиловского общества генетиков и селекционеров: тезисы докладов, Ч.2. С.146. Москва.

Atopkin D.M., Chelomina G.N., Bogdanov A.S. 2007. Genetic variation and differentiation in striped field mouse Apodemus agrarius inferred from RAPD-PCR analysis. // Russian Journal of Genetics. Vol.43. N.6. P.665-676.

Atopkin D.M., Chelomina G.N., Bogdanov A.S. 2007. Molecular phylogeography of two widespread rodent species Sylvaemus uralensis and Apodemus agrarius based on cytochrome b gene variation. // Modern achievements in population, evolutionary and ecological genetics (MAPEEG – 2007): Program and Abstract of International Symposium. P.8. Vladivostok.

Chelomina G.N., Atopkin D.M., Bogdanov A.S. 2007. Phylogenetic relationships between species and intraspecific forms of forest mice from the genus Sylvaemus as determined by partial sequencing of the cytochrome b gene of mitochondrial DNA. // Doklady Biological Sciences. Vol.416. N.1. P.356-359.

Атопкин Д.М., Челомина Г.Н., Богданов А.С. 2007. Микроэволюционные процессы в популяциях малой лесной (Sylvaemus uralensis) и полевой (Apodemus agrarius) мышей: данные секвенирования гена цитохрома b мтДНК. // Современные проблемы биологической эволюции: материалы конференции. К 100-летию Государственного Дарвиновского музея. С.159-161. Москва .

Атопкин Д.М., Челомина Г.Н., Богданов А.С. 2007. Молекулярная филогенетика и филогеография лесных мышей рода Sylvaemus по данным частичного секвенирования гена цитохрома b митохондриальной ДНК. // Териофауна России и сопредельных территорий: материалы Международного совещания (VIII съезд Териологического общества). С.26. Москва.

Атопкин Д.М., Челомина Г.Н., Богданов А.С. 2005. Генетическая изменчивость полевой мыши Apodemus agrarius (Pallas, 1771) на территории бывшего СССР: данные RAPD-PCR анализа. // Молекулярная и прикладная генетика: Международная научная конференция "Современные проблемы генетики". Т.1. С.69. Минск.

Атопкин Д.М., Челомина Г.Н., Богданов А.С. 2005. Генетическое разнообразие и филогенетические связи трех хромосомных форм малой лесной мыши Sylvaemus uralensis Pallas, 1811 (Rodentia, Muridae): данные RAPD-PCR анализа. // Эволюция жизни на Земле: материалы III Международного симпозиума. С.49-51. Томск.